军婚之所以被誉为最伟大的婚姻，也是因为它承载着无数军人的忠诚与牺牲。然而，这份伟大也常伴随着挑战，外遇等问题往往是难以避免的阴影。在这样的背景下，分居两年后有外遇的问题变得尤为复杂。
首先，我们需要明确的是，即使在分居两年后，有外遇的情况仍然可能构成离婚的理由。不过，这并不意味着一旦发现对方有外遇，就能轻易地走向离婚。法律规定了几种情况下的离婚方式和条件。
对于那些长时间分居却未能维持良好关系的夫妻而言，如果协商解决不了问题，最终还是要依靠法律来判定双方是否应该结束这段关系。在这种情况下，可以选择协商离婚或者诉讼离婚。如果一个方面已经在其实际居住地生活满一年，那么可以直接在那个地方申请离婚。而如果双方都同意，一周内即可办理速裁程序。
至于抚养权和财产等具体事宜，法律提供了一系列指导原则，比如对于2岁以下的小孩一般判给母亲抚养，而抚养费通常占一方收入的20-30%。至于财产分配，大致上采取平分原则，但若有一方存在过错，如家庭暴力，则可能会影响到财产分布。
最后，对于那些因工作原因不得不异地夫妻来说，距离虽然是一个难题，但并不是无法克服。当你感受到感情开始淡漠时，不妨多些沟通，让彼此知道对方的心意，并试图通过努力找到让彼此更近一步的方法。
总之，当面对军人身份下的困惑与挑战，无论是在异地还是同城，都需要通过有效沟通、合理理解以及坚守爱情来维护这段特殊关系。如果一切尝试均失败，那么根据法律规定，确实可以考虑走向结局。但在这个过程中，每个步骤都充满了考量和深思，因此，在做出决定前，请务必慎重考虑自己的选择。